Вы можете сортировать, используя шаблон decorate-sort-undecorate, по ключу, являющемуся последним элементом массива, который является результатом разбиения вашей строки пробелами
$arr = array(
'A. Aitken',
'A. C. Skinner',
'A. Chen',
'R. Baxter'
);
// actual sorting below
$arr= array_map(create_function('$a', 'return array(array_slice(explode(" ", $a), -1), $a);'), $arr); // transform into array of arrays consisted of sort key and item
sort($arr); // sort array of arrays
$arr = array_map('end', $arr); // take only last element from each array
print_r($arr);