Кажется, что разные оболочки работают в одном и том же каталоге репозитория. Это не будет работать, так как каталог, в котором происходит обновление, а не оболочка.
Таким образом, для этого вам действительно нужны две директории репозитория, то есть клоны.
Если эти каталоги находятся в одной файловой системе, это не будет стоить много времени или места, поскольку Mercurial оптимизирует этот случай с помощью жестких ссылок.
По крайней мере, если вы работаете в операционной системе, поддерживающей жесткие ссылки.