Red Gate предлагает API, поэтому его можно запускать без графического интерфейса.Не уверен, как это повлияет на лицензирование.
В противном случае, некоторые идеи:
- проверка на отсутствие объектов и CREATE
- запуск ALTER для кода, где это возможно
- запустить скрипт, если версия (в формате udf или в таблице) ниже
если у вас есть скрипт, который выполняет полное обновление транзакции, сгенерированное, скажем, Red Gate, вы можете использовать это: всевам нужен тест, чтобы решить, запускать его или нет.
Одно замечание: для внесения изменений в DDL требуются права db_owner или ddl_admin: приложение yoru запускается с этими правами ежедневно?