Если у вас есть .xib, который вы используете для iPhone и iPad, то в этом нет ничего плохого.Я не думаю, что вы будете отклонены только за это.
Но если ваш единственный .xib содержит главное окно и не автоматически изменяет размер на полный экран - то есть получает только сенсорные события в кадре 320x480- это может привести к отклонению вашего приложения, поскольку оно будет работать неправильно на экране iPad 1024x768.