Здесь другая проблема на работе. Чистая функциональность Eclipse нарушена. Если вы удаляете файлы за пределами Eclipse, он не обнаружит тот факт, что файлы теперь отсутствуют, и вы получите ошибки сборки, пока не удалите файлы вручную. Даже тогда, это не обязательно будет работать, особенно если много файлов отсутствует. Это случается со мной довольно часто, когда я проверяю ветвь кода, которая претерпела много изменений с момента моей последней сборки. В этом случае единственный выход, который я нашел, - это запустить новое рабочее пространство и перезагрузить проект с нуля.