Проблема с настройкой параметров решетки с помощью rpy2 - PullRequest
Новая
       6

Проблема с настройкой параметров решетки с помощью rpy2

3 голосов
/ 20 января 2011

Я пытаюсь создать тепловую карту или график интенсивности цвета, используя данные из массива, используя rpy2 и решетку. Я использую Python 2.6.2, R 2.10.1, rpy2 2.1.9, не уверен, какая версия решетки. Я получил это работает отлично, за исключением того, что мне нужно изменить настройку решетки по умолчанию для цветовой шкалы, используемой для построения уровней соответствующей переменной (z). В частности, я хочу использовать оттенки серого вместо пурпурно-голубого цвета по умолчанию. Вот код для генерации фиктивного фрейма данных и создания графика уровня серого в vanilla R: 

library(lattice)

x <- rep(seq(1,10), each=10)
y <- rep(seq(1,10), 10)
z <- abs(rnorm(100))
z <- z/max(z)
df <- data.frame(x=x, y=y, z=z)

grayvector <- gray(seq(0,1,1/100))

foo <- levelplot(z ~ x * y, data=df, col.regions = grayvector)
print foo

С помощью rpy2 я не могу установить аргумент col.regions. Согласно документации, rpy2 должен конвертировать любой. символы в аргументах функции для _. Это, похоже, не работает, поскольку использование col_regions приводит к игнорированию аргумента. Вот код Python, который создает график уровня, но без оттенков серого: 

from __future__ import division
import rpy2.robjects as ro
from rpy2.robjects.packages import importr
r = ro.r
lattice = importr("lattice")

grayvector = r.gray( r.seq(0, 1, 1/100))   
x = r.rep(r.seq(1,10), each=10)
y = r.rep(r.seq(1,10), 10)
z = r.abs(r.rnorm(100))

df = {'x': x, 'y' :y, 'z':z}
df = ro.DataFrame(foo)

formula = ro.Formula('z ~ x * y')
formula.getenvironment()['z'] = df.rx2('z')
formula.getenvironment()['y'] = df.rx2('y')
formula.getenvironment()['z'] = df.rx2('z')

foo = lattice.levelplot(formula, data=df, col_regions = grayvector)
print foo

Кто-нибудь знает, как использовать аргументы функции решетки с a. в них в rpy2?

1 Ответ

4 голосов
/ 20 января 2011

Необходимо указать сопоставление аргументов вручную: 

from rpy2.robjects.functions import SignatureTranslatedFunction
lattice = importr("lattice")
lattice.levelplot = SignatureTranslatedFunction(lattice.levelplot,
                                                init_prm_translate={'col_regions': 'col.regions'})
foo = lattice.levelplot(formula, data=df, col_regions=grayvector)

И также проверить это: http://rpy.sourceforge.net/rpy2/doc-2.2/html/robjects_functions.html

Важно понимать, что перевод выполняется путем проверкисигнатура функции R, и это не так много, что можно угадать из многоточия '...', когда оно присутствует.

...