В последнее время наблюдается тенденция к увеличению от настольных приложений к веб-приложениям, и их преимущества велики. Браузеры становятся все более изощренными, поэтому вы можете использовать многие функции, подобные настольным, через браузер (и если вы рассматриваете JavaFX, то технологии на основе HTML могут дать вам все, что вам нужно).
Кроме того, веб-приложение позволяет гибко обновлять код без необходимости его обновления пользователем. Большинство браузеров также позволяют запускать в режиме приложения (например, переключатель Chrome -app), который блокирует браузер, чтобы он указывал только на ваше приложение.
Если вы действительно хотите по-настоящему настольного компьютера, тогда Swing или SWT должны быть достаточными для ваших нужд.