Я не уверен, правильно ли я понял ваш вопрос, но кажется, что вы хотите использовать один и тот же источник аутентификации между настольным приложением и веб-приложением.Это должно быть возможно в зависимости от источника аутентификации.Например, если веб-приложение просматривает LDAP или таблицу базы данных, то ничто не мешает вам сделать это из настольного приложения, если вы можете установить соединение с базой данных или получить доступ к серверу каталогов.
Если источник аутентификации веб-приложения недоступен для настольного приложения, возможно, вы захотите написать веб-сервис аутентификации и развернуть его вместе с вашим веб-приложением.Этот веб-сервис должен иметь доступ к тому же источнику аутентификации, что и веб-приложение, и может вызываться вашим настольным приложением.