Если вложенное приложение превратило свою папку в приложение (щелкните правой кнопкой мыши по нему в IIS, «Свойства» и на вкладке «Приложение» «Создать» новое приложение), вы должны поместить код в локальную папку. Папка App_Code:
- \RootFolder // Root of website
|- \App_Code // App_Code at root
|- \NewApplication // Seperate application in IIS, has "web in a box" icon in IIS
| |- \App_Code // App_Code of new application
Если вложенное приложение не является истинным приложением (в смысле IIS), то вам необходимо иметь файлы кода в корневой папке App_Code.
Это также имеет отношение к вашему web.config - если вложенное приложение является истинным приложением, то вы сможете иметь полный web.config на нужном уровне - однако, если это не приложение IIS, затем существуют ограничения относительно того, что вы можете поместить в последующие файлы web.configs - некоторые элементы разрешены только в файле web.config в корне приложения и не могут быть переопределены другими настройками.
Какую именно ошибку вы видите?