Это невозможно, афаик. Но не беспокойтесь об этом - если вы не используете эти классы, они не будут вас беспокоить, за исключением того, что их метаданные загружаются фабрикой сессий.
Обновление: hbm2ddl
инструменты (например, муравей) имеют опцию excludes
. Я не знаю, как вы его используете, поэтому ищите варианты там.
Кроме этого, вы можете вручную перечислить все классы в persistence.xml
и использовать:
<exclude-unlisted-classes>true</exclude-unlisted-classes>