Возможно, вы захотите изучить версию 2.0 Doctrine Migrations . Он не будет совместим с миграциями из Doctrine 1.2, но вы можете использовать его в любой базе данных без использования ORM Doctrine 2.
В любом случае, используя эту версию, это так же просто, как:
$this->addSql('ALTER TABLE mytable ENGINE=INNODB');