Я предполагаю, что вы также переустановили MySQL, так как простая переустановка Apache или phpmyadmin не приведет к потере данных.
Если это не так, вы должны указать, как именно вы настроили phpmyadmin,и как именно вы ищете ваши старые базы данных / таблицы.
Предполагается, что вы также переустановили MySQL
Как отметил Мэрлин, mysqldump всегда лучший вариант.Всегда получайте полную резервную копию с mysqldump, если вы обновляете MySQL.
Если ваша новая версия MySQL более поздняя, чем последняя, вам, вероятно, потребуется использовать утилиту mysql_upgrade .чтобы привести в порядок ваши файлы таблиц.