Ваш вопрос в значительной степени дублирует этот вопрос .Если для третьего параметра задано значение FALSE, данные не будут экранированы.
$this->db->set('comments', 'comments+1', FALSE)
$this->db->where('entry_id', 123);
$this->db->update('entries');
Ничто не мешает вам выполнить SQL-запрос напрямую, если Active Record немного неуклюже.