Я видел такое поведение в ОДНОМ проекте, который шел с книгой JSP. Step over отлично работал в других проектах, но в одном конкретном проекте выполнение «Step over» просто заставляло его переходить к следующей точке останова вместо следующей строки.
Я проследил проблему до различий в свойстве debug.classpath в файле project.properties.
Плохой проект имел это:
debug.classpath = $ {build.classes.dir.real}: $ {javac.classpath}: $ {j2ee.platform.classpath}
Хорошие проекты с рабочим Step over вместо этого:
debug.classpath = $ {javac.classpath}: $ {build.classes.dir}
Изменение debug.classpath устранило проблему.