Убедитесь, какая версия FullTextSqlQuery используется. Microsoft.Sharepoint.Search.Query.FullTextSqlQuery является версией WSS и (из того, что я могу выяснить) фактически извлекает другой индекс, расположенный в базе данных = WSS_Search_XXXX path = Program Files \ Microsoft Office Servers \ 12.0 \ Data \ Applications \\
MOSS-версия - Microsoft.Office.Server.Search.Query.FullTextSqlQuery, и она будет использовать соответствующий индекс общего сервиса для сайта, с которым вы ее создали.
Что касается сброса индекса WSS ... все еще не уверены в этом.