Контроль доступа не настолько гранулирован в VSS. Вы можете назначить определенные права по папке, но не по файлу. Для управления правами по папке откройте инструмент администратора, щелкните пользователя и выберите Сервис | Права по проекту. Я полагаю, вы могли бы поместить файл в определенную папку, чтобы выполнить то, что вы хотите, но это лучшее, что вы можете сделать.
Кстати, основная поддержка VSS закончится в 2011 году. Возможно, сейчас самое время перейти к альтернативному решению. В любом случае VSS считается самым низким из минимальных значений в области контроля источника, поэтому любой вариант будет лучше, чем VSS.