Ваш вопрос далеко не ясен.Но удар в темноте, у вас есть эта строка:
var r = n[0].replace(/\[\d\]$/,''); //chop off last bracket in file name
Это удалит парный набор скобок с одной цифрой между ними, например, foo[1]
=> foo
.Он не удалит парный набор скобок с двумя или более цифрами между ними, как, скажем, foo[10]
=> foo
.Для этого вам нужно:
var r = n[0].replace(/\[\d+\]$/,''); //chop off last bracket in file name
// ^--- Added the +