Лучший способ сделать это - использовать html5 audio element и зарегистрировать обработчик для окончания клипа:
<audio src="1.wav" id="first"></audio>
<audio src="2.wav" id="second"></audio>
audio = document.getElementById('first');
audio.addEventListener('ended', function(){
//play next clip
});
audio.play();
setTimeout не подходит для случаев, когда требуется точное время. Если первый аудиоклип был немного запаздывающим, ваш setTimeout остановится на каблуках. Вы также полагаетесь на то, что бог знает, что происходит у клиента. : -)