MSI-файлы не являются файлами OLE структурированного хранилища. Они не могут быть сжаты, и установщик Windows по-прежнему сможет их читать. Однако в файле MSI хранится много вещей (например, графические элементы пользовательского интерфейса, DLL-библиотеки CustomAction и значки ярлыков), поэтому следует помнить о содержимом, которое вы помещаете в MSI.
В наборе инструментов WiX нет ничего, что позволяло бы анализировать каждую из вещей, которые вы помещаете в MSI и сжимаете (конечно, за исключением файла cab, поскольку установщик Windows ожидает его сжатия).
Честно говоря, установщик Windows изначально не поддерживает лучшее сжатие на сегодняшний день. Единственное, что нужно сделать, это собрать пакет и использовать загрузчик, который распределяет сжатый контент и распаковывает его перед передачей установщику Windows. Это план для загрузчика WiX v3.5.