Вы добавили точку останова, пока находились в режиме отладки? Я делал это часто. Если вы добавите точку останова в режиме отладки, нажмите «Остановить отладку», а затем снова запустите пакет в режиме отладки, точка останова будет проигнорирована.
Убедитесь, что вы не находитесь в режиме отладки, когда добавляете точку останова.