Я понял:
git tag originalHead # just in case
git rebase -i <id of the parent of the commit that deleted the file>
# change pick to edit for that commit
git checkout <id of the previous commit> <filename> # thanks for reminding, kubi
git commit --amend
git rebase --continue
git tag -d originalHead
edit к сожалению, все теги останутся на старой временной шкале, см. здесь