Попробуйте Doxygen.
Лично я не фанат, так как вы создаете уродливые комментарии, полные псевдо-HTML-тегов, которые снижают читабельность кода, для создания красивых документов.Многие организации используют его, и его можно заставить работать нормально с правильными рекомендациями.