столкнулся с той же проблемой, простое решение:
// touch all input values
$('input:text').each(function() {
$(this).attr('value', $(this).val());
});
var clones = $('input:text').clone();
Хитрость в том, что это изменит фактический атрибут 'value' в дереве DOM, в противном случае данные, которые вы вводите 'на лету''существует только в состоянии DOM'