Это не «параметры программы», это конвейер оболочки. Возможно, вам придется использовать круглые скобки, чтобы прояснить, в каком порядке должны происходить события, например возможно что-то вроде
$ shark ( shortest-path < input-ref-littleendian | diff -u - output-ref )
У меня нет доступа к акуле, поэтому я не могу это проверить.