создайте новую ветку из v1 и распакуйте новую версию там.
git checkout -b upstream <v1>
tar -xzvf newversion.tar.gz
git add -A
git commit
Затем вы можете объединить изменения между версиями в основную ветку, где находятся ваши обновления.
git checkout master
git merge upstream
Вы также можете создать ветку на C (или на любом другомпоследняя версия -), чтобы объединить обновления и затем слить третью ветку обратно в ваш мастер, когда вы закончите.