Поскольку проблема связана с SQL и является импортом, я бы строил запросы вручную. Возможно, запишите в файл в каталоге tmp /. Все эти вкладыши могут составлять 1 транзакцию. Таким образом, вы можете добавить игнорирование дублирующегося ключа к запросам.
По своей природе CakePHP выполняет множество запросов, и, поскольку вы ограничены в транзакциях, я бы не стал использовать торт.
Конечно, вы можете углубиться в торт и выяснить, как работает его класс innodb, и посмотреть, есть ли способ обернуть запросы в транзакцию.