Вы можете использовать Класс Java API Graphviz , который является оберткой для Runtime.exec (), это если у вас есть точечные двоичные файлы на том же сервере, что и ваше Java-приложение.
Если у вас не установлена точка на сервере или если вы используете среду, такую как Google AppEngine, где вы не можете установить точечные двоичные файлы локально, тогда вы можете использовать Graphviz Server , облегченный Java HTTP-сервер, вам все еще нужно установить двоичные точки на сервере, на котором вы запускаете Graphviz Server.