Это то, что говорится в документации.
"Если вы попытаетесь добавить график журнала, полулогкса или полулогии к графику режима линейной оси с удержанием в нажатом состоянии, режим оси останется без изменений, а новые данные будут отображаться как линейные"
Я бы посоветовал вам просто изменить порядок печати, то есть.
semilogy(x,yfitted);
hold on;
errorbar(x,y,ebar);