Лучший способ - использовать инструмент сборки, такой как Maven2 или что-то подобное, и использовать его для управления своими зависимостями и создания пакета «все в одном».
В противном случае выв основном, застрял в манипуляциях с файлами манифеста.Хотя IDE, такие как Eclipse или NetBeans, могут вам в этом немного помочь.