JUnit 4 имеет много преимуществ по сравнению с 3.x. Самое главное, что вам больше не нужно расширять TestCase, и ваши методы тестирования не должны начинаться с «test». Теперь все основано на аннотациях. Вы также можете добавить средства сравнения Hamcrest, которые дают вам действительно хороший и выразительный способ написания тестовых утверждений.
Если вы застряли в проекте до Java-1.5, вам, возможно, придется придерживаться JUnit 3.x, однако.