user404222, чтобы избежать удаления вашей записи реестра при удалении приложения, вы должны удалить флаг uninsdeletevalue
проверить этот образец
Это значение удаляется при выполнении удаления
[Registry]
Root: HKLM; Subkey: SOFTWARE\MyKey; ValueType: string; ValueName: InstallDir; ValueData:MyData; Flags: uninsdeletevalue
В этом случае ключ не удаляется.
[Registry]
Root: HKLM; Subkey: SOFTWARE\MyKey; ValueType: string; ValueName: InstallDir; ValueData:MyData