Вы, похоже, ответили на свой вопрос ...
Это действительно зависит от сценариев использования вашего сервиса и объема конфигурации, который ему требуется.
Как вы сказали, параметры запускасделать это легко, так как они управляются непосредственно в том же месте, где управляется служба.Однако они не являются самодокументируемыми, и вам все равно нужно предоставить документацию о том, что делает допустимый параметр.Они также не поддаются обширной конфигурации.
С другой стороны, файл app.config может быть самодокументирован (комментарии xml), указаны все возможные параметры конфигурации, и в них может быть много конфигурации.
Еще один момент, о котором следует подумать, это количество развертываний.Если служба будет работать только на небольшом количестве компьютеров с опытными пользователями (которые понимают XML), я бы склонялся к файлам app.config.