Добавление в SUBDIRS не имеет никакого эффекта для любого ШАБЛОНА, кроме подкаталогов, и вы не можете иметь несколько ШАБЛОНОВ в одном файле .pro.Другими словами, у вас не может быть одного .pro-файла для создания нескольких двоичных файлов и вызова некоторых проектов подкаталогов.
Вам необходим один файл .pro верхнего уровня, который только содержит подкаталоги.,Например, ваш test.pro может быть:
TEMPLATE = subdirs
SUBDIRS = test1 test2
... и тогда у вас будут подкаталоги для test1 и test2.
Если вы не хотите реорганизовать свой код вВ подкаталоге вы также можете поместить имена файлов .pro (вместо имен каталогов) в SUBDIRS.Например, ваш test.pro может быть следующим:
TEMPLATE = subdirs
SUBDIRS = test1.pro test2
... где test1.pro может существовать в том же каталоге, что и test.pro, и иметь обычный TEMPLATE = app stuff.