Причина индексации столбца внешнего ключа аналогична причине индексации любого другого столбца: создайте индекс, если вы собираетесь фильтровать строки по столбцу.
Например, если у вас есть таблица [User] (ID int, Name varchar (50)) и таблица [UserAction] (UserID int, Action varchar (50)), вы, скорее всего, захотите найти какие действия конкретный пользователь сделал. Например, вы собираетесь выполнить следующий запрос:
select ActionName from [UserAction] where UserID = @UserID
Если вы не намерены фильтровать строки по столбцу, тогда нет необходимости указывать индекс. И даже если вы это сделаете, это того стоит, только если у вас более 20-30 рядов.