Чтобы сделать это с помощью материализованного веб-приложения maven, мне пришлось сделать три вещи.
1) Создайте новый проект eclipse с исходным кодом стороннего jar-файла.
2) Удалите ссылку на jar из зависимостей pom.xml.
3) Добавить новый проект eclipse в Deployment Assembly в свойствах проекта.
4) Добавьте новый проект eclipse в свойства проекта -> Путь сборки Java -> Проекты существующего проекта, который ссылается на сторонний проект.
Если третий проект был добавлен в ваш репозиторий maven правильно, с исходными кодами maven автоматически загрузит соответствующий исходный код и позволит вам добавлять точки останова, не выполняя никаких действий, описанных выше; однако я понял, что на это не всегда можно рассчитывать.