Ну, да, это проблема, когда вы регистрируете ее, но это будет гораздо большей проблемой, когда клиент фактически использует ваш COM-сервер.Типичным COM-клиентом будет неуправляемый код, поэтому не очень удобно давать ему, например, файл .config, чтобы сообщить CLR, где искать сборку B.
Если вы хотите, чтобы это работало для любогоклиент без конфигурации, то вы должны поставить B в GAC.В общем, это подходящее место для COM-серверов, DLL ад не имеет ничего общего с использованием COM.Использование события Assembly.AssemblyResolve, вероятно, не будет практичным, но вы можете попробовать использовать статический конструктор класса для регистрации обработчика события.Жесткое кодирование пути к зависимостям сомнительно, если только эти папки не всегда связаны.