Да. Просто создайте две разные главные страницы и укажите соответствующие страницы aspx на нужную главную страницу.
Пример:
page1.aspx
<% @ Page Language="C#" MasterPageFile="~/Master.master" Title="Content Page 1" %>
<asp:Content ID="Content1" ContentPlaceHolderID="Main" Runat="Server">
Main content.
</asp:Content>
<asp:Content ID="Content2" ContentPlaceHolderID="Footer" Runat="Server" >
Footer content.
</asp:content>
page2.aspx
<% @ Page Language="C#" MasterPageFile="~/secondary.master" Title="Content Page 2" %>
<asp:Content ID="Content1" ContentPlaceHolderID="Main" Runat="Server">
Main content.
</asp:Content>
<asp:Content ID="Content2" ContentPlaceHolderID="Footer" Runat="Server" >
Footer content.
</asp:content>