Конкретный шаг, который вам не хватает, - это наличие файла config_site.h в нужном месте.
pjlib/include/pj/config_site.h
Он должен содержать следующее:
#define PJ_CONFIG_IPHONE 1
#include <pj/config_site_sample.h>
Итак, конфигурациябудет избегать библиотек, которые не нужны или не будут компилироваться для чипа руки в iPhone.
После этого добавления начните сначала с:
./configure-iphone
, а затем
make dep && make clean && make