Пожалуйста, попробуйте ввести полный код, который вы используете для создания PDF, используя fpdf.
Я бы также порекомендовал вам попробовать использовать библиотеку DOMPDF , поскольку я сам использовал ее несколько раз и у меня не было таких проблем со структурированием таблиц.
Может быть, HTMLчасть кода PDF неверна, поэтому, пожалуйста, укажите код в своем вопросе.