Правила перезаписи действуют по URI запроса.Строка запроса (знак вопроса и все, что после него) не является частью URI, поэтому вы не можете написать шаблон, соответствующий ей.
Попробуйте это:
RewriteEngine On
RewriteCond %{QUERY_STRING} id=(.*)
RewriteRule ^orders/invoice /store/order/view?hash=%1 [R=301,L]