$this->db->insert_id()
может быть то, что вы ищете. Вот пример того, как это может работать:
$this->db->insert('Table1',$values);
$table1_id=$this->db->insert_id();
$otherValues=array(
'table1_id'=>$table1_id,
);
$this->db->insert('otherTable',$otherValues);