Да.
Абсолютно возможно их смешать. Я делаю это в моем текущем проекте.
Моя конструкция SessionFactory выглядит примерно так:
_configuration = new Configuration();
_configuration.SetProperties(properties);
// hbm files
_configuration.AddAssembly(typeof(ISurveyTask).Assembly);
...
var persistenceModel = new PersistenceModel(...)
// fluent mappings
persistenceModel.addMappingsFromAssembly(typeof(ISurveyTask).Assembly);
persistenceModel.Configure(_configuration);
Наслаждайтесь: -)