С какими потенциальными проблемами можно столкнуться, если в php.ini лимит памяти установлен равным 100 МБ?
Я вижу только очевидное: жадный или испорченный скрипт может поглотить многие ваши ресурсы. Если такой сценарий будет запрошен несколькими клиентами одновременно, это может стать серьезной проблемой ресурсов для вашего сервера.
В зависимости от вашего варианта использования может быть целесообразно вместо этого увеличить ограничение памяти для каждого сценария.
В Linux, если серверу не хватает памяти, он начинает подкачку (используя медленный жесткий диск для виртуальной памяти).
Если ему не хватает подкачки, он начинает убивать процессы полуслучайно (алгоритмы сложны и обычно трудно предсказать).