Прежде всего FileReference файла не позволяет разбивать файлы, он позволяет читать все данные одновременно, он не позволяет потоковую передачу. Загрузка файлов размером более 100 Мб работает хорошо без сторонней библиотеки, однако проблема возникает на стороне сервера, обычно серверу ASP.NET или Tomcat требуется больший тайм-аут для приема файлов большего размера.
Обычно при загрузке на сервер ASP.NET (также как и на сервере на основе Java) время выполнения сценария не учитывает время загрузки и, как правило, оно истекает до загрузки сценария. Если загрузка занимает более 10 минут, а время ожидания выполнения сценария меньше 10 минут, то независимо от того, какую библиотеку вы выберете на стороне клиента, вы никогда не сможете загружать файлы.
Вы можете выбрать silverlight, если хотите разбить файлы на более мелкие части, и вы можете рассмотреть хэш md5 с учетом встроенного в silverlight.