SQLite для SQLite версии 2, а SQLite3 для SQLite версии 3. Что касается отсутствия функций, я не знаю, они не были реализованы. Я бы предложил использовать SQLite3, чтобы вы могли в полной мере воспользоваться преимуществами новой версии.
Насколько мне известно, нет способа зашифровать базы данных SQLite специально с помощью PhP. Хотя можно создать решение, используя библиотеки mcrypt или другие подобные криптографические библиотеки.
размещение базы данных вне ваших веб-каталогов и предоставление ей надлежащих разрешений (принадлежащих пользователю, который запускает веб-сайт с 600 или 700 разрешениями, если вы используете * nix), должно быть шагом в правильном направлении к защите данные.