Я удивлен, что что-то было удалено из вашей директории lib - этого не должно происходить.
Зависимости регистрируются в BuildConfig.groovy в вашем приложении и в плагинах, которые работают с Grails 1.2 и выше. Старые плагины по-прежнему будут содержать файлы jar в своих каталогах lib, которые будут добавлены в classpath, и вы все равно можете делать то же самое. Очевидно, что лучше по возможности использовать управление зависимостями, чтобы в вашем кэше Ivy была только одна копия jar, а не одна для каждого проекта на вашей машине.
Вы можете запустить grails dependency-report для генерации отчетов Ivy, чтобы увидеть, что управляет Ivy в каждой среде. Они будут в конечном итоге в отчете target / dependency-report и индексного файла не будет, так что просто откройте любой из файлов .html, и вы сможете перейти к другим, например мишень / зависимостях отчет / org.grails.internal- {имя_приложения} -runtime.html.