В моей программе есть главное окно - класс, который наследует JFrame, в этом окне есть JMenuBar.
В коде я динамически создаю экземпляр JPanel с некоторыми компонентами и устанавливаю на этой панели главное окно в качестве панели содержимого.
Но после того, как эта строка меню пересекается с моей панелью, часть панели находится за строкой меню. Это продолжается, пока я не изменю свой размер окна.
После этого пересечение исчезает, а панель меню размещается под строкой меню без пересечения.
JFrame view = ApplicationContext.getInstance().getView();
JPanel panel = new TherapeuticProfile().getRootPanel();
view.setContentPane(panel);