Да, вы можете настроить любой раздел через новый свободный интерфейс.Просто используйте ConfigurationSourceBuilder.Вот так:
var builder = new ConfigurationSourceBuilder();
builder.ConfigureSecurity()
.AuthorizeUsingRuleProviderNamed("MyRules")
.SpecifyRule("Rule1", "MyRuleExpression")
.CacheSecurityInCacheStoreNamed("SecCache")
.WithOptions
.UseSharedCacheManager("MyCacheManager")
.SetAsDefault();
var configSource = new DictionaryConfigurationSource();
builder.UpdateConfigurationWithReplace(configSource);
EnterpriseLibraryContainer.Current
= EnterpriseLibraryContainer.CreateDefaultContainer(configSource);
Вы даже получаете поддержку IntelliSense.
Подробнее о MSDN