Не уверен, что вы имеете в виду под "Hibernate Application".
В любом случае, вам нужны библиотеки Hibernate, которые вы можете скачать здесь: http://sourceforge.net/projects/hibernate/files/hibernate3/
Hibernate не требует какого-либо конкретного сервера приложений. Вы можете запустить код Hibernate из простого Java-приложения. Вам нужны конкретные драйверы JDBC для выбранной вами базы данных.
Если вы используете MySql, вы можете скачать драйверы здесь:
http://dev.mysql.com/downloads/connector/j/
Использование сервера приложений (такого как JBoss) может быть полезно, если вы хотите использовать определенные корпоративные функции, такие как пулы соединений или мониторинг, которые в противном случае должны быть реализованы.
Многие проекты используют Hibernate вместе со средой Spring для упрощения создания веб-приложения.