Я полагаю, что основная проблема, возникающая у вас при объединении сборок WPF, заключается в том, что PackURI для ресурсов не изменяются.
Если вы можете реорганизовать свои ресурсы в единую сборку, которая не будет объединена, или иным образом исправить PackURI в ваших сборках, тогда ваши объединенные сборки должны работать.